日本的农民合作组织称为“农业协同组合”(即合作社)，简称日本农协，是依据日本1947年颁布实施的《农业协同组合法》而建立起来的既具有特殊性质的企业，又具有很浓的农村社区性质的农民合作组织。日本农业经济腾飞的原因离不开其农协的强大功能。
协会企业一体化
日本农协是企业。农协的经营管理等业务是依照企业(公司)经营的法律规范来进行的。农协采取参加者投资入股的方式集资，由股东投票产生董事会，再由董事会选择合适的人才经营具体业务，协同组织的职员由经理招聘，并在农协领取工资。
农协拥有自己的生产加工设备、储藏设施、运输、销售系统及其他有关设备、设施。它通过自己的经营活动来为社员(日本称组合员)提供服务。日本农协是以“提高农业生产力，提高农民的社会经济地位，实现国民经济的发展”为宗旨，农协“通过其从事的事业，为成员提供最大限度的服务，不以盈利为目的”。
在农协组织中，不管股金多少，都是一人一票，以人为基础加入农协，农协的盈余依照成员和农协的业务多少、规模大小，按比例返还给成员。
群众团体组合
农协它又是群众团体，是农民团体和合作社。它不仅代表农民利益向政府提出意见和建议，而且对农民从各方面进行指导。因此日本农协不仅是个经济组织，还兼有协助政府贯彻农业政策和代表农民向政府建议的双重职能，因而具有“政治团体”性质。无论经济辐射力还是政治影响力，农协在日本农业与农村中居于举足轻重的地位。
由于它的双重特性，日本将农协确定为介于营利性工商企业和政府公益性事业之间的特殊法人，由农林水产省大臣和都道府县知事批准后注册登记。日本每个市町村都建有农协，并且全国99%以上的农民都加入了农协，农户入社率接近100%，农协既全方位直接向全体农民服务，指导全体农民从事农业产业。
提供信用业务的单位农协
日本农协是综合性农协，且是以信用为中心，建立在信用业务之上的综合农协。日本基层农协一般是以市町村等行政区域为单位组织起来的，也叫单位农协。
综合农协以本地区农户为服务对象综合开展服务工作，服务内容广泛，不仅包括农业生产资料供应、技术指导、教育培训、农业信息、农产品加工、存储、销售，以及信贷、保险，还包括生活服务、医疗卫生保健等，该类农协代表日本农协，农协的综合信用业务，是日本农协生存发展的关键因素和命脉。
专业农协则以从事同一专业生产的农户为服务对象，为专业农户提供生产资料采购、技术指导和产品销售等方面的服务，一般不提供信贷、保险服务，也不提供生活服务和医疗卫生保健服务等。
严密的全国性组织
在近百年实践中，日本农协已经形成了一个包括地方性组织和全国性组织在内的完整体系，从中央到地方建立了一整套严密的农协组织系统，把农民全部纳入农协组织中来，不仅提供产前、产中、产后的服务和指导，还尝试包全所有人的生老病死，并把所有的农协组织连结在一起，从而在全国形成一个庞大的组织体系，覆盖了日本整个农村地区，日本农协拥有全日本第一大企业集团、第一大银行集团、第一大保险集团、第一大医疗集团和第一大供销集团。
同时也成为世界农业合作组织最发达的国家之一。围绕上述产业运营和服务，日本农协管理人员共有役、职员27.3万人，其中聘请的职员24.8万人，占役、职员总数的90.8%;役员2.5人，仅占役、职员总数的9.1%。
日本农产品不存在销路问题。日本市场销售的农产品绝大部分是由农协提供，其中大米和小麦占95%,水果占80%，家禽占80%，畜产品占51%。日本农协为社员年销售的农产品额达47，351亿余日元;青森县农协为社员年销售的农产品额达1，067亿余日元。
