自然指数（Nature Index）是依托于全球顶级期刊（2014年11月开始选定68种，2018年6月改为82种），统计各高校、科研院所（国家）在国际上最具影响力的研究型学术期刊上发表论文数量的数据库。用这个数据库，可以根据各机构的论文发表数量及类别来进行机构排名和期刊索引。自然指数排名统计方法分为article count（AC）和 fractional count（FC）两种，即发表论文数量和每位论文作者的相对贡献度。最近，Nature指数公布了2018年7月1日到2019年6月30日大学/机构排名，最新的一期机构/大学的学术排名正式出炉。
在全球大学/机构综合排名中（按FC统计），中国科学院再次蝉联榜首，南京大学则首次蝉联中国高校学术排名第一。中国共有19大学/机构顺利挺进全球前100名，分别是：中国科学院（第1名），南京大学（第11名），清华大学（第12名），北京大学（第13名），中国科学技术大学（第16名），中国科学院大学（第18名），浙江大学（第25名），复旦大学（第31名），南开大学（第42名），上海交通大学（第45名），中山大学（第46名），四川大学（第51名），武汉大学（第53名），苏州大学（第57名），华中科技大学（第64名），厦门大学（第68名），天津大学（第90名），吉林大学（第96名），湖南大学（第98名）。其中6所大学/研究所进入前20强，这也在侧面说明中国在基础研究领域快速的进步。本次排名中，吉林大学，天津大学及湖南大学提升最大，吉林大学首次进入全球学术前100名；兰州大学表现卓越，顺利进入118名，并进入中国学术领域30强。
对中国而言，化学及物理学领域是强项，但在全球生命科学领域排名中，美国在前10名独占6名，占有绝大部分优势，中国在生命科学及地球/环境领域比较薄弱，后期还需要进一步发展。由于2018年6月份增加了Plant Cell杂志，对农学院校有一定的优势，农业类大学排名有很大程度上升，故在生命科学领域，中国农业大学、华中农业大学排名明显上升。总体而言，中国经过近20年的发展，科研实力不断的上升，在后续会表现的更好。
本次学术排名中，日本共有5所大学和研究机构进入全球前100，分别是：第10名东京大学、第34名京都大学、第63名大阪大学、第77名RIKEN、第88名东京工业大学。九州大学本次位列全球第171名，位列亚太地区第53名，并在日本排名第9。
