不少菜农由于施用冲施肥过勤、过量，造成棚室菜地土壤板结、沤根、菜株萎蔫等不良现象，在有的地方甚至已成为制约高产优质的限制因子，应引起广大菜农的注意。冲施肥通常用水溶性化肥，主要是氮肥和钾肥，含磷量少，钙、镁等微量元素极微，也有一些种类的冲施肥含腐殖酸。
冲施肥效果仅限于土壤表层，加上地膜覆盖，棚室内温度相对比较高，表层根多量大，如果遇到低温寒流或用一些劣质肥冲施，往往容易出现烧根现象，造成烂根。片面使用大量氮肥、滥用冲施肥，还会导致蔬菜徒长，品质下降，肥料利用率降低，加剧棚室土壤性状盐渍化。
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