自然指数（Nature Index）是根据一年内各科研机构在Nature系列、Science、Cell等82种自然科学类期刊上发表的研究型论文数量进行计算和统计分析得出。作为2014年新推出的一项科研评价指数，自然指数（Nature Index）在全面追踪优质科研论文作者单位信息（涵盖全球2万多家科研机构）的基础上，系统分析了全球各个国家、地区以及科研机构高水平论文产出情况，并据此评估各机构在化学、地球与环境科学、生命科学、物理学等四个核心学科领域的竞争力。
自2018年6月起，纳入自然指数统计的期刊数量将由原先的68本增至82本，在生命科学领域新增Cancer Research、Molecular Psychiatry、PLOS Genetics、Science Advances 、Science Translational Medicine、The ISME Journal: Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology、The Plant Cell、eLife等期刊。
自然指数的2种计量方法：
论文计数 (article count/AC) - 不论一篇文章有一个还是多个作者，每位作者所在的国家或机构都获得1个AC分值。
分数式计量（fractional count/FC）- FC考虑的是每位论文作者的相对贡献。一篇文章的FC总分值为1，在假定每人的贡献是相同的情况下，该分值由所有作者平等共享。例如，一篇论文有十个作者，那每位作者的FC得分为0.1。如果作者有多个工作单位，那其个人FC分值将在这些工作单位中再进行平均分配。
近期，自然指数公布了最新2018年12月1日~2019年11月30日的大学/机构排名。本次有5430家机构参与全球大学/机构综合排名，其中中国科学院位居全球榜首，中国科学技术大学位居第8，北京大学位居第10，全球前10中共3所中国机构及大学入选。此外，还有16所中国大学入选全球前100，其中3所进入全球前20强：
清华大学（第11名）、南京大学（第15名）、中国科学院大学（第16名）、浙江大学（第23名）、复旦大学（第32名）、中山大学（第37名）、南开大学（第38名）、上海交通大学（第39名）、苏州大学（第45名）、四川大学（第47名）、武汉大学（第49名）、华中科技大学（第54名）、厦门大学（第63名）、吉林大学（第72名）、天津大学（第76名）、湖南大学（第91名）。
日本大学及机构中有6所进入全球前100：东京大学（第12名）、京都大学（第35名）、大阪大学（第62名）、东京工业大学（第83名）、东北大学（第92名）、理化学研究所（第100名）。另外，名古屋大学位居第126名，北海道大学位居第130名。
九州大学本次排名中位居第151名，进入全球前200，亚太地区排名第50，日本排名第9。
化学领域全球自然指数排名：
中国大学及机构表现尤为突出。中科院依旧位居全球榜首，中国科学技术大学位居第二，南京大学位居第4，中国科学院大学、清华大学、北京大学、南开大学、四川大学分别占据第6~10名。全球前10中，中国大学及机构占据了8所。
日本大学中，东京大学、京都大学、大阪大学、东京工业大学、北海道大学、东北大学、名古屋大学、九州大学分别位居第16、18、34、43、70、92、93、95名。
地球与环境科学领域全球自然指数名
中科院同样位居全球榜首，另外还有18所中国大学及机构进入全球前100：南京大学第6名、中国科学院大学第13名、同济大学第15名、北京大学第16名、中国地质大学第17名、清华大学第23名、中国气象局第28名、浙江大学第40名、中山大学第51名、北京师范大学第52名、武汉大学第59名、南京信息工程大学第64名、哈尔滨工业大学第66名、香港科技大学第79名、兰州大学第85名、南开大学第86名、中国地质大学（北京）第87名、华中科技大学第93名。
日本大学及机构中进入前200的有：东京大学第20名、日本海洋地球科学技术厅（JAMSTEC）第76名、东北大学第103名、京都大学第112名、东京工业大学第135名、北海道大学第144名、九州大学第183名。
