2018年度国家科学技术奖励大会上，中国农业科学院主持完成的1项成果荣获国家自然科学二等奖，2项成果荣获技术发明二等奖，5项成果荣获国家科学技术进步二等奖，获奖总数为创新工程启动以来的最好成绩，是时隔5年再次实现三大奖全覆盖。
蔬菜花卉研究所黄三文研究员牵头完成的“黄瓜基因组和重要农艺性状基因研究”获国家自然科学二等奖。该项目首次利用新一代基因组测序技术，破解了黄瓜基因组遗传密码，发现了控制黄瓜苦味物质合成的9个基因及其精准调控机制，发现了导致果实变大且基本失去苦味等性状改变的基因，培育了“蔬研”系列品种，推动黄瓜育种进入分子设计时代。作物科学研究所李立会研究员牵头完成的“小麦与冰草属间远缘杂交技术及其新种质创制” 获国家技术发明二等奖。该项目历时30年，创立了小麦远缘杂交新技术体系，破解了小麦与冰草属间杂交及其改良小麦的国际难题，创制育种紧缺的高穗粒数、广谱抗病性等新材料392份，培育出携带冰草多粒、广谱抗性基因的新品种，驱动育种技术与品种培育新发展。哈尔滨兽医研究所冯力研究员牵头完成的“猪传染性胃肠炎、猪流行性腹泻、猪轮状病毒三联活疫苗创制与应用”获国家技术发明二等奖。该项目创制了我国首个安全高效的猪病毒性腹泻三联活疫苗，主、被动免疫保护率分别高达96.15%和88.67%，实现了猪病毒性腹泻“一针防三病”的精准高效防控，疫苗在全国累计应用2560万头份，免疫覆盖仔猪1.54亿头，实现销售收入2.01亿元。作物科学研究所邱丽娟研究员牵头完成的“大豆优异种质资源创制与新品种选育” 获国家科技进步二等奖。该项目创建了大豆种质资源表型与分子标记相结合的鉴定技术体系，在国际上率先构建和解析了大豆泛基因组，挖掘抗逆、高油等重要性状QTL/基因72个，建立分子标记育种技术体系，选育出抗病、优质、高产新品种17个，2006-2017年累计推广1.25亿亩。
蔬菜花卉研究所顾兴芳研究员牵头完成的“黄瓜优质多抗种质资源创制与新品种选育” 获国家科技进步二等奖。该项目创建了高效的黄瓜抗病鉴定与品质评价技术，创建了国际领先的黄瓜分子标记多基因聚合育种技术，攻克了优质和抗病基因难以聚合的难题，培育出新一代不同生态型的突破性新品种8个，累计推广1187.9万亩，实现了密刺型黄瓜优质多抗育种的突破。
农业环境与可持续发展研究所董红敏研究员牵头完成的“畜禽粪便污染监测核算方法和减排增效关键技术研发与应用” 获国家科技进步二等奖。该项目首创了我国畜禽粪便污染核算方法，创建了污水源头减量工艺，发明了污水沼液再生利用、堆肥臭气减排与氨氮回收利用关键技术与装备，集成创建了种养结合、清洁回用、集中处理3个系列的技术模式并大面积推广应用，为国家政策制定和重大行动实施提供了科技支撑。
农业资源与农业区划研究所徐明岗研究员牵头完成的“我国典型红壤区农田酸化特征及防治关键技术构建与应用” 获国家科技进步二等奖。该项目开展了6个典型省域长期监测试验点近30年联网研究，明确了典型红壤区农田酸化时空演变特征，创建了以“石灰类物质精准施用降酸、有机肥阻酸、减氮控酸”为核心的酸化防治关键技术，研发了酸性土壤调理剂等产品，集成了区域特色的农田酸化综合防治技术模式并大面积推广应用。
农产品加工研究所张德权研究员牵头完成的“羊肉梯次加工关键技术及产业化”获国家科技进步二等奖。该项目首次系统解析了我国羊肉加工特性，创建了适合我国饮食习惯的羊肉加工适宜性评价技术，研发了梯次加工关键技术与装备，突破了“羊肉加工特性不清分级分割准确率低、品质劣变重货架期短、工业化程度低品质保持难”三大技术瓶颈，实现了羊肉加工从“手工经验”向“标准化工业化”的跨越。
