根据部署，市、区县（市）人民政府将设立林业生物灾害应急指挥机构，组织、指导、协调本行政区域内的林业生物灾害应对工作。长沙市人民政府成立长沙市林业生物灾害应急指挥部（以下称市指挥部），市人民政府分管副市长任指挥长，市指挥部办公室设在市林业局。
根据职责划分，市和区县（市）林业生物灾害应急指挥机构根据灾害监测调查结果，在综合分析灾害发生可能性后，按权限确定预警级别，并及时向社会发布预警信息。林业生物灾害按照其严重性和危害程度，分为一般（Ⅳ级）、较大（Ⅲ级）、重大（Ⅱ级）、特别重大（Ⅰ级）四级。
一般林业生物灾害（Ⅳ级）发生后，事发地区县（市）林业生物灾害应急指挥机构立即按预案规定程序启动Ⅳ级应急响应，组织救灾防控工作。长沙市指挥部进入预备状态，做好应急准备，适时提供支持和指导。必要时派遣工作组赴现场指导、参谋。
较大林业生物灾害（Ⅲ级）发生后，长沙市指挥部立即启动Ⅲ级应急响应，领导和组织救灾防控工作，并及时向省林业生物灾害应急指挥机构报告灾情及除治情况。
重大林业生物灾害（Ⅱ级）和特别重大林业生物灾害（Ⅰ级）发生后，在省人民政府或国务院的统一领导下，根据需要，长沙市应急委直接指挥全市应急处置工作，亦可委托市指挥部负责指挥。
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