首先就是如何保障农产品质量安全。一方面，不同国家和平台对食品类的各种标准、规范都不相同，特别是欧美国家对农产品的要求更是非常严格。如果不在源头端建立一套符合消费市场的食品安全机制，非常容易“踩雷”。另一方面，农产品属于在流通过程中容易受损变质，如果没有合适的包装、仓储、运输条件，特别容易产生农产品安全风险。
其次是如何实现农产品品牌化。目前中国的农业结构仍是以小农经济为主，农业产业化水平相对较低。农产品虽然大部分完成了产品化的过程，但品牌化程度还远远不足。对于跨境电商而言，农产品由于其区域性生产和本身附加值低的特点，必须通过品牌化模式才能有足有的溢价空间支撑跨境销售。
再次，如何解决农产品跨境物流成本问题。跨境电商的特点是多批量、小批次、采购周期短、对物流速度要求比较高，不同于工业品，农产品在跨境流通中，其物流成本非常高，一般会占销售额的30%左右。如果采用直邮运输，覆盖的海外市场范围有限，成本比较高;而采用海外仓备货模式则对海外仓储管理的要求非常高，无形中也增加了出口产品的成本。
最后，人才问题。相比于其他工业品，农产品跨境销售需要既懂跨境电商又懂农产品的人才，在当前的市场环境中，基本没有相关资源专门培养此类人才。大多是靠农产品经营者自己摸索学习的，从学习的成本和成长速度来看，远远落后于跨境电商的发展，这也是制约农产品走向国际市场的重要原因。
无论是跨境电商还是内贸电商，农产品上行都是社会所关注的热点。跨境农产品出口仍面临着重重障碍，但在市场、技术、政策等的推动下，中国农产品出海定会迎来新的发展机遇。
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