内容摘要： 由于科技体制的稳定性与滞后性及科技运行机制的灵活性和速效性，在深化科技体制改革过程中，应遵循“市场在资源配置中起决定性作用和更好发挥政府作用”的原则，尽快建立健全3个方面的科技运行机制。
在科技决策方面建立科技协同治理机制
一是实现科技管理体制的自上而下的“统治”模式向多元主体共同参与协商的“治理”模式的转变。制定宏观科技政策时，应形成政治家、企业家与科学家良性互动的“协同治理”新模式。找到三者功能和利益最佳的结合点、平衡点，重大需求由政府出题，技术需求由企业出题，科学探索由专家出题，使科技管理既符合科技本身运行规律，又符合市场经济运行规律和政府运行规律。
二是建立部际联席会议制度和省部会商制度，实现相关要素的协同，加强部门之间、地方之间、部门与地方之间、军民之间的统筹协调，提高整合科技资源、组织重大科技活动的能力。
在科研成果产出方面健全科学高效的运行机制
一是实行立项查重。建立统一的科技管理信息系统，从项目立项的源头上避免重复支持，避免科研单位和科研人员多头申报课题。
二是实行产投比评估。不以承担项目的经费数量来衡量和评价，而是重在考核单位和个人的实质性产出，要考察评估成果产出与经费支持量的投入产出比。
三是实行稳定支持。进一步加大对公益性科研单位的财政支持，尤其要逐步建立起适合基础研究特点的长期稳定资助模式。
四是公开透明的项目遴选。所有政府资助、奖励的科研项目，如果不涉及国家安全问题，均应将有关申请评价内容、专家评价意见和专家姓名等信息向社会公开。
五是确保竞争优胜。使科研人员研发出真正管用的成果。实行和完善同行评议制度，破解行政主导学术研究的局面，充分发挥学术共同体的同行评价作用。按照科技项目的专业水平及其意义来进行竞争和选择，使真正值得支持的优势课题胜出。
六是改革课题招标。对于应用性的科学研究，继续实行“事前招标制”。对于基础性的科学研究，宜实行“事后收购制”。
七是注重重大成果导向。在职称评审、绩效考核中，扭转重数量、轻质量的不良倾向，注重“质量和创新导向”。基础研究要看有没有原始性的重大发现，依据学术质量和水平评判科研人员的学术贡献，推行“代表作”制，鼓励学术研究创新。技术和工程类研究要看对产业和国家安全的实际影响。以实际盈利缴纳税收情况而非简单的单位证明来确定应用性科技成果的价值。某些科研奖项已经失去公信力，应简化科技奖项，淡化科技奖励的附加功能，弱化行政为主导的科技奖励，强化第三方评审机构的作用。
八是实现科技资源共享。建立科学数据共享平台，面向各级政府、各大学、研究机构、企业等提供一站式数据服务。鼓励高校、科研院所科技公共服务平台和重大研发载体等对企业开放。
九是建立现代科研院所制度。探索实行理事会制度，完善所长负责制，扩大科研院所的自主管理权，建立开放、流动、竞争、协作的运行机制为特点的现代科研院所制度。推进科研机构分类改革：基础研究按照“人才一流、设备一流、成果一流”的要求实现管理方式与国际接轨；将应用性研究机构转制为企业或实行企业化管理。
在科技、经济结合方面建立产学研有机结合机制
一是加大科技成果处置权和收益权的改革力度。建立和完善高校、科研院所的科技成果处置机制，促进科技成果的资本化、产业化。对财政资助科研项目形成的科技成果，凡不涉及国家安全和重大利益的，其处置权和收益权充分下放到高校和科研院所。
二是注重技术创新的市场导向。发挥市场对技术研发方向、路线选择、要素价格、各类创新要素配置的导向作用。建立主要由市场决定技术创新项目和经费分配、评价成果的机制。各政府部门不以科研专家为主确定重点科技项目和计划，而是以企业（国有和民营企业应处于同等地位）为主体在国家确定的重点领域范围内，结合企业的发展，提出技术创新需求项目。使科技经费更多地聚焦于市场最需要、企业最迫切的领域。
三是引导和支持高校、院所与企业形成产学研利益共同体，围绕产业链构建创新链。消除科技创新中的“孤岛现象”，破除制约科技成果转移扩散的障碍。实施“链接打通工程”，实现创新点（创新成果）的扩散、创新线（创新链条）的接通、创新面（创新网络）的扩张。建立以产业链为中心、各类科技资源围绕产业链实际需求进行创新与服务的工作体系，把创新链建立在产业链上，推进产业链与科技创新的深度结合。
四是实现科技金融结合。完善政府资金与社会资金、直接融资与间接融资、金融资本与产业资本有机结合的科技金融创新体系，支持股权投资、创业投资和天使投资发展，支持企业利用多层次资本市场融资。建立金融资本介入创新创业全过程的科技金融服务体系，推动设立由民营资本主导、风险自担的科技银行，为科技型、创业型、创新型中小微企业提供个性化、低成本金融服务。
