抗虫Bt基因是目前全球转基因作物中应用最为广泛的功能基因之一，在全球共有相关专利超过500项，其中中国申请占10%左右。其中，中国农业科学院生物技术研究所申请的“携带编码杀虫蛋白质融合基因的表达载体及其转基因植物”、“两种编码杀虫蛋白质基因和双价融合表达载体及其应用”等专利是我国转基因抗虫棉的核心技术，获得了国际知识产权组织（WIPO）金奖。我国已利用这些抗虫Bt专利技术培育出100多个抗虫棉新品种。据统计，我国目前转基因抗虫棉的种植面积已占全国棉花种植面积的70%，是国内种植面积最大的转基因作物。其中，具有自主知识产权的抗虫棉占93%以上。中国农业科学院最近又培育出一批国际领先的抗虫基因三系杂交棉。国产转基因抗虫棉品种除了性能与国外抗虫棉相当外，还普遍比其增产10％以上，杂交抗虫棉则增产20％以上。
2009年，我国发放的含有抗虫cry1Ab/cry1Ac基因水稻“华恢1号”和“Bt汕优63”生产应用安全证书，其中“华恢1号”申请了我国植物新品种权。
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