一、树势问题
如果秋季不施基肥，果园里的强树就会变成弱树，强弱之间，相差很大。
果树在营养生长前期，根、枝、叶、花、果各器官的生长发育需要大量养分。而后半年由于叶片形成，光合产物增多，营养物质会自然接续。果树生长前期所消耗的养分来源主要是靠秋施基肥后树体贮藏的营养。秋季果实采收后是树体积累营养物质的关键时期。如果不能进行及时和有效的营养补充，强树自然会变成弱树。由于缺乏足够的营养，来年早春萌芽、生长、开花以及幼果的正常生理活动也无法正常进行。
二、根系问题
“断根生新根”，一年四季只有秋季可以伤根，秋施基肥挖地或翻地时对根系产生的伤口，不仅无害而且能新生大量毛细根。如果秋季不施基肥，将错过对果树根系修剪的绝佳时机。
秋季是根系一年中最后一次生长高峰期，其生命活动旺，吸收养分能力强。这时果实已经采摘，叶片仍在继续进行光合作用，制造的养分回流到根系就被储存起来，用于根系生长。如果不能进行秋施基肥，根系就不能促发新根，增加吸收根数量，扩大营养元素的吸收面积，提高肥料的利用率就无从谈起。而且，叶片也会由于缺少营养支撑过早衰老、脱落。根系就无法充分休养生息，造成来年果树根系分解、吸收、储存、传输养分能力大大减弱。
三、土壤问题
如果秋季不施基肥，土壤中的有益微生物和有机质就不能得到及时补充，无法改良土壤。
秋季土温较高，墒情较好，有利于土壤中微生物活动。施入的有机质也易被根系吸收。此外，有机肥在微生物作用下形成腐殖质，提高了土壤有机质含量，改变土壤的团粒结构，改善土壤通透性和保肥、保水能力，为果树根系创造良好的生长环境，保证果树正常生长发育，可以促进果树丰产、稳产，及早获得经济效益。
施入大量的生物有机肥之后能提高树体抗逆性。结合秋季施肥深翻土壤，能够优化土壤结构，提高土壤防寒御寒能力，保证果树地上部分安全越冬，减少来年病害。
四、经济问题
俗话说“秋肥是金，冬肥是银，春肥是铜”。果树基肥十分关键。但花同样的钱，施同样的肥，用同样的量，若施用时间不同，效果也存在较大差异。据试验，秋施基肥比冬、春施基肥可增产14%～30%，并且能改善果实品质。
