生物肥料作为农业生物工程学科的重要分支和土壤肥料学的重要组成部分，近几十年无论在基础研究和应用研究方面都得到迅猛发展。长期以来不合理使用化学肥料带来的土壤板结、地力下降、生态破坏、环境污染以及农副产品品质下降，给微生物肥料的开发、推广、应用提供了相当大的发展空间。存在这些问题和弊端必须寻求解决方法和途径。
微生物肥料在解决这类问题上有独到之处。它作为一种全新农业技术措施在发展高产、优质、高效农业中的作用越来越被人们所认识。特别是在发展生态农业，生产AA级、A级绿色食品和有机农产品中的不可替代性，充分体现了它独特的优势。
我国是发展中国家，农业面临着现代化和可持续发展双重任务。我国农村是以农业生产为基础，实行农业综合开发、发展综合经营、繁荣农村经济的一个复杂的农村生态经济系统。农业生产，概括说，是利用动物、植物和微生物的机能，通过人工培育，来取得各种农产品的结果。
1、世界农业发展经历三个阶段
从世界农业的发展来看，经历了三个阶段：
第一阶段：原始农业（刀耕火种）
一万两千年前，祖先开始从狩猎采集型农业走向原始的种植业，那时候种植方法是：“刀耕火种”。对树木砍倒烧光实行砍种一年即行撂荒的生荒耕作制。人们为了选择茂密的森林进行砍种,所以居无定所、经常迁徙。原始农业的生产力很低，人们过着低水平的生活。但是这一时期，对自然界的损伤不大，自然界可以自我修复。
第二阶段：传统农业
传统农业的主要特征是“铁犁牛耕”，它的生产力水平比原始农业有了很大提高，能够为更多人的生活提供必需的农产品。在人与自然的关系上，人们已经使用了整地播种、育苗移载、中耕锄草等农业技术，比较合理地利用自然；同时也懂得了要给土壤灌水、施肥，实行水分和养分的返还，保护自然。传统农业的特点使土地越种越肥,复种指数和单位面积产量不断提高,特别是使物质得到循环利用,从而达到持续发展的目的。但产量仍然很低。传统农业铸成我国5000年文明史。
第三阶段：是现代农业
现代农业的主要特征是：生产工具高度机械化：引进了工业产的大量机械。减轻了劳动强度，提高了劳动效率；农艺技术和管理高度科学化：引进了农业以外的工业产品化肥、农药等，提高了单位面积的产量。吨粮田出现了。这就大大提高了农业的劳动生产率和土地利用率，为国民经济发展提供了雄厚的物质基础。
现代农业劣势：资源的急剧消耗，如土壤有机质减少。10%-15%降至1%-2%以下；环境污染严重：土壤板结、地力下降、生态破坏、环境污染。由以上分析可以看出，现代农业的两大弊端：一方面是资源的急剧损耗；另一方面是环境污染严重。
2、生态农业应运而生
人类经济社会必须实现持续发展，作为国民经济基础的农业首先必须实现持续发展。人们从农业遭受破坏的实践中第一次真正认识到农业的本质，农业的发展是依靠农业生态系统进行的，人们既要促进农业增产，又要保持生态系统的平衡，这也就为寻找一个新的、更有效的农业生产形式指出了方向。在这个基础上，生态农业作为现代农业的一种新形式就应运而生。
根据生态学和生态经济学原理，以组织生态农业为基础，充分利用当地资源，利用生物（动物、植物、微生物）相互依存关系，利用现代高科技技术，实行无污染、无公害、无废物的大农业生产，尽可能地提供适合人们需要的产品，推动繁荣我国广大农村经济和我国的农业现代化。
微生物肥料作为全新的农业技术措施既具有无污染、无公害、肥效持久、壮苗、抗病、改良土壤、提高农作物产品品质等优点，又能克服大量使用化学肥料、农药带来的环境污染、生态破坏等弊端，在生态农业蓬勃发展的今天，必然会有长足发展。
3、微生物肥料不是新概念
在国外有近百年的发展历史，以研究推广各种根瘤菌肥为主。直到现在，根瘤菌肥料依然是最主要的品种。包括美国、俄罗斯、英国、法国、日本、意大利等发达国家在内，至少70多个国家在生产根瘤菌肥料，且种类繁多，增产效果也比较显著。接种剂生产严格，生产条件和工艺也十分讲究，许多国家根据本国特点筛选了合用的载体、培养基配方及其生产工艺流程，为生产质量优质的产品奠定了基础。
当然，国外人均占有土地面积大，农产品生产采用轮作制，土壤有休养生息的机会，加之对有机食品呼声较高，所以，一般只发展微生物菌剂。我国的国情是，人口多土地少，土地复耕系数大，除发展菌剂外，在复合微生物肥料的发展上，占的比重相对较大，产品品种多、质量可靠，技术上也领先世界一步。
我国微生物肥料的研究、开发，始于20世纪50年代。在制定1956-1967年12年农业发展纲要中，就有“发展细菌肥料”（同时提出八字宪法水、肥、土、种、密、保、工、管）一节。随后数十年期间，经历了三次大的起伏。直到上世纪末，大量滥用化学肥料暴露出诸多问题，才重新引起各有关部门的高度重视。
1995年在沈阳召开《第一届全国微生物肥料生产应用技术研讨会》。会后颁发中国微生物肥料第一个行业标准（NY227-1994）。1999年4月21日国家计划发展委员会，在“计司高技函[1999]025号”文件中专门将微生物肥料列入农业高技术产业化重大专项。2000年6月12日，我国农业部颁布第32号部长令，对微生物肥料的定义重新进行界定：“微生物肥料指应用于农业生产中，能够获得特定肥料效应的含有特定微生物活体的制品，这种效应不仅包括了土壤、环境及植物营养元素的供应，还包括了其所产生的代谢产物对植物的有益作用。”32号部长令强制性规定：微生物肥料由农业部审批登记。
在2010年11月召开的国务院常务委员会上，将生物产业列入中国七大产业支柱之一。并被排在第三位的重要位置。2015年的中央一号文件首次将《生物肥料》作为主要发展项目列入文件中。同年2月17日，我国农业农村部推出农业减“肥”计划。2020年要实现化肥、农药的零增长。2018年5月21日在全国环境保护会上指出:要调整农业投入结构，减少化肥农药使用量，增加生物有机肥使用量。
