秸秆反应堆在低温季节应用对根系养护和地温的提升有明显效果，补肥、养土，能够改善土壤通透性，利于根系深扎。其次产生一定热量，保证根系生长的地温；再次利于土壤气体的交换，供白天光合作用进行。
具体设置流程如下：
一是开沟：一堆双行，采用大小行种植。大行（操作行）宽100—120厘米，小行（种植行）宽60—80厘米，就在小行位置开沟，沟宽60厘米或80厘米，沟深20—25厘米，开沟长度与行长相等，开挖土壤分放沟两边。
二是铺秸秆：开沟完毕后，在沟内铺放秸秆。一般底部铺放整秸秆，上部放碎秸秆。铺完踏实后，厚度25—30厘米，沟两头露出10厘米秸秆茬，以便于通气。
三是撒菌种：每沟用专门的反应堆菌种6公斤或酵母菌5公斤，均匀撒在秸秆上，并用锨轻拍一遍，使菌种与秸秆均匀接触。
四是覆土：将沟两边的土回填于秸秆上，覆土厚度20—25厘米，形成种植垄，并将垄面整平。
五是浇水：浇水以湿透秸秆为宜，隔3—4天后，将垄面找平，秸秆上土层厚度保持20厘米左右。
六是打孔：在垄上用细钢筋打三行孔，行距25—30厘米，孔距20厘米，孔深以穿透秸秆层为准，以利通气发酵，促进秸秆发酵，等待定植。需要注意的是，使用秸秆生物反应堆后一般是起垄栽培，因此结合膜下滴灌（或微喷）效果良好。若使用漫灌的方式则不利于农事操作。
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