近年来，长江流域省份通过流域间横向生态补偿协议的签订和实施，生态补偿效益初步显现。今年的政府工作报告提到，加强生态系统保护修复。但目前生态补偿机制大多仅规定了保护区的农药残留等生态指标标准，生态补偿的实现也更多集中于污染防治指标是否完成等方面，对于因严格执行化肥、农药、农膜使用而造成当地农产品产量减少、农户实施生态保护积极性降低等方面如何补偿却少有涉及。生态补偿机制如果仅停留在资金补偿方式，效果为“治标”而非“治本”。
为从根本上保护长江流域生态环境，建议流域间生态补偿机制可以由单一的付费补偿方式，转为以科技力量支持补偿和科技资金补偿相结合方式。研发既能满足生态环保要求又能促进当地产业发展的有机农药、化肥、农膜等或其替代品，从源头降低水土污染隐患，促进上游保护区产业向环保产业及高新技术研发方向发展。同时从国家层面，设立长江上下游省份之间的生态补偿机制农业科技补偿试点等。
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