草甘膦禁售也必将导致抗草甘膦作物（GM HT crops,以下简称HT作物）种植面积锐减甚至退出市场，随之引发一系列问题。
(1)农场收入下降，作物减产和其他潜在问题。农民通过种植HT作物获得了更好的杂草管理和产量增长。在一些大豆和小麦轮作的地区，HT大豆的种植可以避免常规种植方法中大豆除草剂对后茬小麦的药害，从而实现大豆—小麦的无缝轮作，提高了土地利用率和农民收入。在1996年—2015年间以上优势使得农民收入增长了692.7亿美元。在2015年，这一数字达到67.6亿美元，如果禁止HT作物和草甘膦使用农场必将全部损失，其中大豆占63%，玉米占25%，油菜占10%，其余为棉花和甜菜。由于HT作物在美洲大陆的广泛种植，美国（50.1%），阿根廷（21.2%），巴西（12.1%），加拿大（11.6%）的相关收入都将遭遇严重下滑。
图1 HT作物所产生的农场收入增益
该部分增益可能由于草甘膦禁用而消失
(2)环境问题和温室气体排放。HT作物种植减少了其他除草剂的使用，进而减低了温室气体排放量。如果HT作物禁种，温室气体排放将重新上涨，造成的环境损失用EIQ指数评估（见表1）。预测数据显示（图2），美国损失最大占46.9%（主要为玉米和大豆），巴西32.7%（主要为大豆和玉米），加拿大12.1%（主要为油菜和玉米）。HT作物由于具有良好的杂草控制作用，可以减低对土壤的破坏，达到“少耕”（reduced-till）或“免耕”（no-till）。这可以更多保留土壤中碳元素并减少由于机械操作产生的碳排放，相当于210亿千克CO2 。 
表1 由HT作物改为传统作物农药使用量变化
图2 HT作物禁种造成各国可能的环境损失
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