蛋白质组学及其研究意义
澳大利亚学者Williams和Wilkins于1995年首先提出蛋白质组概念,表示“一个细胞或一个组织基因组所表达的全部蛋白质”,是对应一个基因组的所有蛋白质构成的整体。
蛋白质组学是指应用各种技术手段来研究蛋白质组的一门新型学科,其目的是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平与修饰状态,了解蛋白质之间的相互作用,解释蛋白质功能与细胞生命活动规律。
蛋白质是生命功能的执行者,是生命现象的直接体现者,对蛋白质结构和功能的研究将有助于直接阐明生物体在生理或疾病条件下的变化机制。要想对生命的复杂活动有全面和深入的认识,必然要在整体、动态、网络的水平上对蛋白质进行研究。研究蛋白质有助于阐明疾病机理及找到药物靶标和疾病早期诊断的分子标记等。蛋白质组学是后基因组时代生命科学研究的核心内容之一。
蛋白质组学的研究内容和主要技术
蛋白质组学研究的范围主要有蛋白质定性定量、蛋白质翻译后修饰和蛋白质相互作用等。这些研究通常都聚焦于发现、鉴定和定量蛋白质,了解、确定蛋白质的功能等,从而促进对疾病机理、药物靶标、诊断分子标记等方面的研究,促进分子医学的发展,服务于人类的健康。
液相色谱-串联质谱技术(LC/MSMS)是当前蛋白质组学研究最主要的技术。
基于该技术鉴定蛋白的原理大致如下:一般来讲,蛋白质从组织或者细胞等样品中提取出来后,经酶切消化成肽段混合物(在酶解之前,蛋白可以经过SDS-PAGE等方法分离),经过液相色谱等分离技术进入质谱系统。然后质谱仪对进入的肽段进行质谱信号采集获得肽段的一级谱图信息(包含肽段的质荷比、强度、和保留时间等信息)和二级谱图信息(包含肽段碎裂后形成的碎片离子的质荷比、强度等信息)。获得数据后,主要通过与蛋白序列数据库进行比对进行肽段和蛋白的鉴定。
蛋白质研究最新进展 (点击标题查看链接)
2015年国际染色体蛋白质组计划(C-HPP)最新研究进展
Nature Biotechnology:Matthias Mann最新高通量磷酸化蛋白质组研究
曹雪涛院士最新Nature子刊文章发现新蛋白
Science:揭示疯牛病朊蛋白传染机制
Science:确定人体免疫记忆关键蛋白
Cell:胰岛素可调控蛋白质翻译
Nature:年轻蛋白质让核糖核酸展现活力
华大蛋白研究的平台和研究实力
华大蛋白平台成立于2001年。当前质谱平台基于高通量质谱技术进行工业规模的蛋白质组学、代谢组学研究及目标分子检测,已通过OHSAS18001、ISO14001、ISO9001质量管理体系认证。实验室占地2000平方米。配备多台高灵敏度、高分辨率、高精度的质谱仪,包括 Q Exactive、LTQ Orbitrap Velos™、QTRAP®4500、QTRAP® 5500、Triple TOF 5600、ultraflextreme、microflex、Massarray及Xevo TQD、XevoTQ-S。
质谱平台目前主要进行蛋白质组学和代谢组学的全谱分析、定量分析、蛋白修饰分析和目标蛋白、多肽和各种小分子的分析检测,也可以结合目前的基因组、转录组数据展开贯穿性科研项目。目前质谱平台承担着人类蛋白质组组织(HUPO)的国际合作项目人类染色体蛋白质组学计划(C-HPP)20号染色体蛋白质研究任务,并且在新生儿遗传代谢检测、耳聋基因筛查等多个产业项目中取得成功,我们期待来自世界各地的科学和投资合作。
我们有专业的生物信息团队,开发了从数据质控(proteoQC),鉴定(IPeak),定量(IQuant)到多组学整合分析(sapFinder, PGA)的一系列软件,已经建立了相对成熟的蛋白质组“大数据”分析平台,全方面的深度解析质谱数据,获得更多更可靠的信息。
华大基因蛋白质组生物信息学专题培训班
在蛋白质组学已逐渐成为生命科学研究的重要前沿的背景下,华大基因学院组织开展蛋白质组生物信息学专题培训班,帮助学员:
掌握/熟悉常用的蛋白质组研究技术并了解主流的蛋白质组研究思路
掌握常用蛋白质组鉴定和定量分析及蛋白质组与基因组、转录组的整合分析方法
掌握蛋白质功能、网络分析方法
【课程内容】
第一天
上午
蛋白质组学前沿技术动态介绍
3h
闻博
理论
下午
Linux操作基础(理论+上机)
4h
许少行
理论+上机实操
第二天
上午
蛋白质组实验质谱数据的鉴定和质控
3h
许少行
理论+上机实操
下午
整合基因组转录组的关联分析(蛋白质组基因组学)
4h
理论+上机实操
第三天
上午
定量蛋白组分析方法和原理介绍
3h
周若
理论+上机实操
下午
蛋白质功能分析
4h
理论+上机实操
第四天
上午
修饰蛋白质组学技术原理及应用
3h
林志龙
理论
下午
靶向蛋白质组分析方法和原理介绍
4h
周宝津
理论+上机实操
开课时间
课程内容
课时
讲师
授课形式
1) Linux系统基本操作
2) Linux环境下软件安装,shell编程入门
1)蛋白质鉴定原理和方法;
2)数据质控;
3)数据库选择;
4)数据标准和数据提交要求
5)原始数据转换和质谱数据的可视化
1)整合基因组变异信息、基因组序列信息进行蛋白组层次变异蛋白的鉴定和辅助基因注释;
2)利用转录组信息构建个性化蛋白质数据库用于新肽段/蛋白的发现
1)常用分析技术原理;
2)经典案例介绍
3)常用分析软件的介绍
1)蛋白质表达数据的聚类分析;
2)蛋白质GO/Pathway功能注释;
3)染色体定位分析;
4)蛋白质-基因编号mapping;
5)蛋白质互作网络分析
多肽组学技术原理及应用
1)靶向蛋白质组技术介绍;
2)基于MRM技术的靶向蛋白质实验方法建立;
3)常用分析软件的介绍